1950’de İstanbul’da doğdu. Robert Kolej’den sonra Boğaziçi Üniversitesi’nde kimya mühendisliği tahsili ve işletme yüksek lisansı yaptı. Ankara Siyasal Bilgiler Fakültesi’nde iktisat yüksek lisansını tamamladı. Aynı fakültenin Uluslararası İktisat Kürsüsü’nde 1977-80 yılları arasında asistanlık yaptı. 1978-80 arasında Toplumcu Düşün dergisinin editörlüğünü yürüttü. 1980’den bu yana çeşitli kuruluşlarda yöneticilik yapıyor. Halen TESEV’in demokratikleşme programının direktörlüğünü yürüten Mahçupyan, Agos gazetesinin genel yayın yönetmenliği yanı sıra Taraf ve Zaman gazetelerinde yazmaktadır. Kitapları: İdeolojiler ve Modernite, Osmanlı’dan Postmoderniteye, Radikal Yazılar I, Radikal Yazılar II, Yönetemeyen Cumhuriyet, Büyük Travmanın Eşiğinde, Türkiye’de Merkeziyetçilik: Devlet ve Din, Zihniyet Yapıları ve Değişim, İkinci Tanzimat, İçimizdeki Öteki, Bir Demokratın Gündemi.